A Neptunon keresztül lehetőség van akár a költségtérítési/önköltség díjat, akár az egyéb kiírásokat (ETR=kivetéseket) kiegyenlíteni, befizetni.
A felső menüsoron a “Pénzügyek” fülre kattintva, a “Befizetés” lehetőséget választva listázhatók a kiegyenlítésre váró tételek. A "Tétel kiírás" gombra kattintva megjelenik egy felugró ablak, ahol kiírható fizetési kötelezettség a saját magunk számára. Elsőként a fizetési jogcímet kell kiválasztani (pl. szolgáltatási jogcím, mely lehet valamilyen különeljárási, vagy késedelmi díj), majd a jogcímtől függően jelennek meg a további mezők. Egy félévválasztó gomb segítségével lehetőség van az aktuális félévet megelőző, valamint azt követő félévre is IV.(ismételtvizsga) díjat kiírni. Szolgáltatás jogcímnél lehetősége van „Minden félév”-et választani a félévválasztó mezőben, így a kapcsolódó tárgyaknál minden félévének tárgyai közül választhat.Ebben az esetben a kiírás féléve mindig az aktuális félév lesz. (Ennek oka pl. a tárgyújrafelvétel tárgyhoz kötött hallgatói kiírás és ehhez kapcsolódó tárgyfelvétel ellenőrzés, tiltás.) Ismételtvizsga és Szolgáltatás jogcímnél is kötelezővé teheti az intézmény a tárgy kiválasztását a "Tárgyak" legördülő menüben (a tárgy neve mögött a tárgy kódja is megjelenik a könnyebb azonosítás végett). A szolgáltatás jogcím esetén ez függ a szolgáltatás típustól. Ha mindent megfelelően beállított, akkor kattintson a "Tétel létrehozása" gombra.
A rendszer a tétel kiírás sikerességéről visszajelzést ad, majd ezután a "Befizetés" fülön, a szűrések megfelelő beállításával azonnal meg is jelenik az adott tétel az aktív tételek között. A kiírt tétel neve a fizetési jogcímhez kapcsolódó díjtípus neve lesz (például a szolgáltatási jogcím alatt „Határidő mulasztási díj” díjtípussal kiírt tétel neve „Határidő mulasztási díj” lesz). A befizetés folyamata megegyezik a megszokott befizetési folyamattal. A Neptunban a hallgatók csak a saját maguk által kiírt és még teljesítetlen tételeiket tudják törölni, vagyis az intézmény adminisztrátorai, vagy oktatói által kiírt, ill. a rendszer által generált tételeket nem. Ennek megfelelően, ha mégis más által kiírt tételt próbálná törölni, akkor a program megakadályozza a műveletet és visszajelző üzenetben értesít róla, hogy csak saját tétel törölhető. Törléshez a listában kijelölve a törlésre szánt tételek sorában található jelölőnégyzeteket, kattintson az oldal tetején található "Törlés" gombra.
