A kollégiumi pályázat esetében megkülönböztetünk felsőbbéves kollégiumi jelentkezést, gólyakoli jelentkezést és évközi kollégium jelentkezést.
A jelentkezési folyamat a tanulmányi rendszeren belül zajlik. A pályázatot kitölteni és leadni az Ügyintézés / Kollégiumi jelentkezés menüpont alatt lehetséges. Ekkor a felületen megjelennek azon jelentkezési időszakok, amelyeken a felhasználó kollégiumi igénylést adhat be. A jelentkezéshez ki kell választani a kívánt kollégiumot, vagy kollégiumokat és megadható annak rangsora is. Ezt követően a Jelentkezés gombra kattintva tölthető ki a kollégiumi kérvény. Annak leadásával véglegesítjük a jelentkezést.
A kérelem kitöltésének módját illetve az egyes jelentkezési időszakokhoz tartozó teendőket a pályázati kiírás és a kitöltési útmutató tartalmazza.
A kollégiumi férőhelypályázat jelenleg nem elérhető a Neptun tanulmányi rendszerben, annak folyamata kidolgozás alatt van.