Az előugró ablakok többek közt lehetnek visszajelző üzenetek, tárgy illetve kurzus részletes adatait tartalmazó ablakok, de figyelmeztető ablakok is. Ilyen figyelmeztető ablak jelenhet meg a rendszerbe történő első belépést követően, amikor a kötelező jelszóváltoztatásra szólít fel a program. De ilyen figyelmeztetés lehet a kötelezően elolvasandó üzenetek beérkezésekor is, vagy akár például megajánlott jegyek létrejöttekor. A böngészőben tilthatóak az előugró ablakok, az eredményes tájékoztatás érdekében érdemes engedélyezni a Neptun honlapjának kivételként való kezelését.